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微生物肥料主要有3 類產(chǎn)品，它們分別是農(nóng)用微生物菌劑、生物有機肥、復(fù)合微生物肥料。與這3類主要產(chǎn)品對應(yīng)的技術(shù)指標(biāo)分別是（GB 20287-2006）、（NY 884-2012）、（NY/T 798-2004）。

農(nóng)用微生物菌劑是由一種或一種以上的功能微生物（有效活菌）經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)增殖后直接使用，或經(jīng)濃縮或經(jīng)載體吸附而制成的活菌制品。其特點是菌數(shù)高，用量少，使用各種功能菌種，產(chǎn)品品種多；適用對象廣；涉及試驗設(shè)計、效果評價的參數(shù)與指標(biāo)也多樣。主要有9個品種，包括：根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、溶磷菌劑、硅酸鹽菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑（秸稈、糞便等）、促生菌劑、復(fù)合菌劑、菌根菌劑和生物修復(fù)菌劑（農(nóng)藥殘留降解、克服作物重茬）。適用范圍：作物、土壤；秸稈（腐熟劑）、農(nóng)殘種類（修復(fù)劑）。

生物有機肥是由特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應(yīng)的肥料。其特點是在優(yōu)質(zhì)的有機肥（腐熟后）中，再添加（二次添加）功能微生物。

復(fù)合微生物肥料指目的微生物經(jīng)工業(yè)化生產(chǎn)增殖后與營養(yǎng)物質(zhì)（氮磷鉀等）復(fù)合而成的活菌制品。粉劑和顆粒劑型產(chǎn)品中的氮磷鉀總含量不高于25%，在6%-25%范圍內(nèi)；液體劑型產(chǎn)品在4%以上。其特點是含有功能菌、氮磷鉀養(yǎng)分和有機載體組成；平衡肥料的速效與長效供給需求。達到“化肥速效、有機肥長效、微生物肥料促效與轉(zhuǎn)化”的綜合效果。

按照《農(nóng)用微生物菌劑生產(chǎn)技術(shù)規(guī)程》（NY/T883-2004），微生物肥料生產(chǎn)條件包括5 個主要生產(chǎn)技術(shù)環(huán)節(jié)，分別是菌種保存與選用；菌種的發(fā)酵增殖擴繁；產(chǎn)品后處理（混拌、烘干、造粒）；產(chǎn)品包裝（分裝機）；產(chǎn)品質(zhì)量檢驗等。

其生產(chǎn)方式有3種：

1、液體發(fā)酵生產(chǎn)方式。此方式適合細菌類和酵母菌等單細胞微生物的擴繁；要三級發(fā)酵，種子罐(一級)、放大罐(二級)和生產(chǎn)罐(三級)，生產(chǎn)效率高，自動化程度高，質(zhì)量可控，但投資較大；主要設(shè)備包括：發(fā)酵罐、空氣過濾設(shè)備、熱動力設(shè)備等。

2、固體發(fā)酵生產(chǎn)方式。適合真菌和多數(shù)的放線菌的擴繁；設(shè)備簡單，投資小，產(chǎn)品保質(zhì)期長，但生產(chǎn)周期長，效率和自動化程度低；發(fā)酵原料的滅菌和需要大量的勞動力是限制其大規(guī)模發(fā)展的原因。

3、液固兩相發(fā)酵。適合多數(shù)的真菌和放線菌產(chǎn)品的擴繁；先進行液體發(fā)酵后，再將其接種到固體基質(zhì)中發(fā)酵，液體發(fā)酵的目的是為后續(xù)的固體發(fā)酵提供擴繁菌種，因此液體發(fā)酵一般只采用一級發(fā)酵，要求生產(chǎn)者掌握液體發(fā)酵和固體發(fā)酵技術(shù)。